昨日サービス開始のSuica・PASMO相互利用では、JR→私鉄→JRという通過連絡運輸での割引は対応していません (1回乗り換えの乗り継ぎ割引は区間によっては対応あり)。通過連絡運輸の場合、両端のJR区間を通しで計算するので100円程度割安になります。
以前から、ICカードだと連絡きっぷより高くなる場合について、カラフルなポスターを掲示していましたが、説明は分かりやすいものの注意喚起という面では弱かったようです。そのため、シンプルな内容のポスターが別途掲示されて、気を引くようになっていました。
でも、実のところ通過連絡運輸による割引きっぷの存在自体が知られてないような……。